Na série, dois gênios da robótica, Dr. Albert Wily e Dr. Thomas Light, criam uma nova geração de robôs superior a quaisquer outros já criados. Então, Wily, ex-sócio de Dr. Light (criador de Mega Man), vendo o incrível potencial dos robôs, começa a imaginar que, com eles a seu comando, poderia ter um enorme poder nas mãos. Ao compartilhar seus planos de domínio com Light e ter retorno negativo, rouba seu projeto inicial, Protoman (Blues, no original), para servi-lo, junto com outros robôs.
